2007年11月30日，欧洲足联决定于2009–10年赛季引进新赛制，最大的改变是初赛分成12小组，每组4队进行主客循环赛，每组头两名（共 24 队）将联同欧冠分组初赛每组的第三名，合共32队晋级淘汰赛。2012–13年赛季起半决赛改为另外进行抽签；2014–15年赛季起十六强亦改为另外进行抽签，并且不再局限于同组及同国家的对手（唯俄罗斯和乌克兰的球队于十六强仍不会互相对垒）。
在各国联赛排名系统排第7–9位的会员国可选派1队杯赛冠军加3队参赛，其他会员国可选派1队杯赛冠军加2队参赛，惟列支敦士登、安道尔及圣马力诺只可选派一队杯赛冠军参赛。通常会员国会选派联赛排名紧随参赛欧冠球队之后的球队，作为杯赛冠军以外的参赛名额，但英格兰及法国仍旧会预留一个参赛名额给联赛杯的冠军[6]。同时，有三个第一轮预选赛名额在1995到2015赛季会预留给欧洲足联公平竞技排名的优胜队伍。
一般来说，在各国联赛排名系统排名越高，其属下的球队可以参赛较后的预选赛，但除卫冕冠军外，每队仍最少参赛一圈的预选赛。但如系统排名为1-12的国家夺得联赛杯或杯赛冠军而联赛排名无法达到进入欧冠的门槛则可直接进入小组赛阶段。而过去的欧足联第三级别赛事欧洲足联国际托托杯将并入新赛制而消失。往时当杯赛冠军已获欧冠参赛资格时，其名额由杯赛亚军补上，在2015–16年度开始实行的新制下，杯赛亚军将不获参赛权（除非杯赛亚军的联赛排名符合参赛资格），名额由在联赛排名高低顺序补上。同时随着改新制，应届欧洲联赛冠军可以直接进入来季欧冠的小组赛阶段，但前提是欧冠的卫冕冠军席位没有被占用[7]，如被占用就需要从欧冠的附加赛轮开始。然而，此限制后来作出了调整，使应届欧洲联赛冠军可以直接进入来季欧冠的小组赛（2023-24年赛季或以前）/联赛阶段（2024-25年赛季起），无需从附加赛轮开始比赛。
赛制改革
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2011–12年赛季，多队“欧冠常客”意外地于欧冠小组赛中出局，需转战欧洲联赛。然而，这些欧洲列强被指不积极参与欧洲联赛赛事。2012年11月28日，欧足联主席普拉蒂尼承认2014年欧洲足联将对欧洲赛事做出改革。因欧洲联赛电视转播费低，收入低，观众人数也少，加上参赛球队不是顶级豪门，因此即使有些劲旅从欧冠小组出局后踢欧洲联赛也不认真对待，欧足联曾公开要求主教练在赛前新闻发布会强调欧洲联赛的重要性。欧洲足联考虑将于2015年赛季开始废除欧洲联赛，同时对欧冠联赛扩军，相当于把欧洲联赛并入欧冠联赛，据媒体猜测，欧冠联赛的参赛队伍将会由现时的32支扩军一倍至64支[8]。
2013年5月，欧洲足联决定于2015–16年赛季引进新赛制，欧洲联赛得以保留，欧洲联赛的冠军将获得直接进入下赛季欧冠分组赛的资格[9]。若欧洲联赛的冠军已靠国内联赛排名取得参加来届欧联的分组赛资格，此专席由排名较后的联赛冠军取得。
2018–19年欧洲联赛开始，所有国内联赛冠军都将能在欧洲冠军联赛资格赛淘汰后转战欧洲联赛资格赛，而不仅仅是排在第三名和淘汰赛的球队[10]。
2020–21年欧洲联赛开始，欧洲足联系数第50–55名的联赛都将在欧洲联赛有两个席位[11]。
2024–25年欧洲联赛开始，新增4个席位至36队，并采用以瑞士制为基础的联赛模式比赛（每队在主客场分别比赛4场，且会在每个档次的比赛中由电脑随机抽出对赛队伍），取代了以往的小组赛模式。首8名队伍会直接晋级淘汰赛，第9至24名球队则会从两回合的淘汰附加赛决出其余晋级队伍名额。
当前赛制席位分布
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2024-25年度至今
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从此轮开始参赛之球队
从上一轮晋级之球队
从欧联转战之球队
预选赛第一轮 (12 队)
12 队杯赛冠军（协会 22–33）
预选赛第二轮 (18 队)
5 队杯赛冠军（协会 16–21；除俄罗斯）
6 队联赛季军（协会 7–12）
1 队联赛殿军（协会 6）
6 队预选赛第一轮胜方
预选赛第三轮 (26 队)
冠军途径 (12 队)
12 队欧洲冠军联赛预选赛第二轮（冠军途径）负方
联赛途径 (14 队)
3 队杯赛冠军（协会 13–15）
9 队预选赛第二轮胜方
2 队欧洲冠军联赛预选赛第二轮（联赛途径）负方
附加赛轮(24 队)
5 队杯赛冠军（协会 8–12）
13 队预选赛第三轮胜方
6 队欧洲冠军联赛预选赛第三轮（冠军途径）负方
联赛阶段 (36 队)
欧洲协会联赛冠军
7 队杯赛冠军（协会 1–7）
5 队联赛第五位（协会 1–5）
12 队附加赛轮胜方
5 队欧洲冠军联赛附加赛轮（冠军途径）负方
4 队欧洲冠军联赛预选赛第三轮（联赛途径）负方
2 队欧洲冠军联赛附加赛轮（联赛途径）负方